En un principio esta bandera se empleó por muchas personas para fomentar el discurso soberanista por partido políticos e instituciones de la izquierda nacionalista desde el año 1961 con el autodenominado Movimiento Canarias Libre el cual fue liderado entre otras personas por los hermanos Cantero Sarmiento.

Una vez que llega la transición y con la democracia esta bandera fue adoptada como la bandera oficial de Canarias, ya que nadie le tenía rechazo, pero su verdadero origen no es el que todo el mundo tiene en mente. En 1964 separatistas como Antonio Cubillo líder Mpaiac la utilizaron a su beneficio colocandole 7 estrellas verdes.

Pero todo ha cambiado con este nuevo descubrimiento que tira por tierra todas las teorías de los independentistas y nacionalistas canarios, y es que la bandera canaria es mucho más antigua, y no fue ideada por personajes recientes cercanos al independentismo, trata de mucho más atrás, en tiempo que estos movimientos ni existían.

El descubrimiento de la más antigua bandera canaria por el momento se encuentra en el Museo Real de Greenwich, en el complejo histórico del Museo Marítimo Nacional del Reino Unido, esta bandera llegó a sus dependencias a principios del siglo XX y formaria parte de una colección que James Cook recopiló por sus viajes entre los años 1768 y 1780. Todo apunta que en uno de sus viajes James Cook recibió la bandera a modo de bienvenida protocolaria, algunos expertos consultados apuntan que podría ser la bandera de la Diputación Provincial de Canarias o la empleada por las Milicias Canarias en Europa, básicamente la bandera actual de Canarias es de origen totalmente Español y desbarata totalmente las ideas soberanistas y nacionalistas.